การดำเนินงานของทบวงมหาวิทยาลัย
	ทบวงมหาวิทยาลัย ในฐานะที่เป็นหน่วยงานต้นสังกัดของมหาวิทยาลัยของรัฐ และรับนโยบายโดยตรงจากรัฐบาลในการสนับสนุนและดำเนินการปรับเปลี่ยนสถานภาพมหาวิทยาลัยของรัฐ ที่เป็นส่วนราชการ ไปเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐเพื่อให้มีความคล่องตัวในการบริหารจัดการ สามารถปฏิบัติภารกิจสู่ความเป็นเลิศทางวิชาการ และสนองตอบความต้องการของสังคมได้อย่างต่อเนื่อง ในปี พ.ศ.2542 ทบวงมหาวิทยาลัย ได้เตรียมการด้านต่าง ๆ เพื่อรองรับการปรับเปลี่ยนสถานภาพของมหาวิทยาลัย สรุปผลดำเนินงานที่สำคัญ ดังนี้
	1.1 ศึกษาหลักการของมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ ในด้านการบริหารงานบุคคล หลักการบริหารงบประมาณ หลักการบริหารวิชาการ และหลักการกำกับและตรวจสอบ และได้เผยแพร่หลักการดังกล่าว ไปยังมหาวิทยาลัยต่าง ๆ 1.2 ได้ขอรับจัดสรรงบประมาณ จำนวน 18 ล้านบาท เพื่อเป็นค่าใช้จ่ายของมหาวิทยาลัย ในการระดมความคิดเห็นของบุคลากรทุกฝ่าย การปรับปรุงระบบงานภายใน การยกร่างพระราชบัญญัติใหม่ และเพื่อเป็นค่าใช้จ่ายในการพัฒนาระบบการจัดสรรงบประมาณ การพัฒนาระบบบัญชีต้นทุนของมหาวิทยาลัย 1.3 ได้ขอให้มหาวิทยาลัยทุกแห่ง จัดทำแผนปฏิบัติการ ในการเตรียมการปรับเปลี่ยนสถานภาพไปเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับ และทบวงมหาวิทยาลัย ได้ประมวลแผนปฏิบัติการรวมนำเสนอคณะรัฐมนตรีพิจารณาให้ความเห็นชอบ โดยมหาวิทยาลัย/สถาบัน จำนวน 19 แห่ง ได้กำหนดระยะเวลานำเสนอร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ ตั้งแต่ปี 2542 จนถึงปี 2545 ตามเป้าหมายที่รัฐบาลกำหนด ซึ่งในปี 2542 จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และมหาวิทยาลัยนเรศวร ได้เสนอร่างพระราชบัญญัติตามเป้าหมายซึ่งขณะนี้กำลังอยู่ระหว่างการพิจารณาของสำนักงานคณะกรรมการกฤษฏีกา 1.4 ในปี 2543 ที่ประชุมอธิการบดีแห่งประเทศไทย (ทปอ.) ได้เสนอขอให้ทบวงมหาวิทยาลัยทำความเข้าใจในนโยบายที่ชัดเจนกับรัฐบาลในหลักการของมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ ทบวงมหาวิทยาลัยจึงนำเรื่องดังกล่าวเสนอคณะรัฐมนตรีพิจารณา และคณะรัฐมนตรีได้มีมติเมื่อวันที่ 14 มีนาคม 2543 เรื่อง หลักการและแนวทางการดำเนินการเพื่อสนับสนุนการปรับเปลี่ยนสถานภาพมหาวิทยาลัยของรัฐไปเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับ ซึ่งมีความชัดเจนในประเด็นนโยบายและแนวปฏิบัติหลายประการ แต่ยังมีบางประการที่มหาวิทยาลัยบางแห่งไม่สามารถปฏิบัติได้ ซึ่งทบวงมหาวิทยาลัยจะพิจารณาเสนอขอทบทวนมติคณะรัฐมนตรีต่อไป 1.5 ได้ขอให้มหาวิทยาลัย/สถาบันที่มีเป้าหมายว่าจะเสนอร่าง พ.ร.บ. ต่อทบวงมหาวิทยาลัยภายในปี 2542 แต่ไม่สามารถดำเนินการ พิจารณาปรับแผนปฏิบัติการให้สอดคล้องกับความเป็นจริง ซึ่งมหาวิทยาลัย/สถาบันต่างๆได้เสนอขอปรับแผนปฏิบัติการเสร็จเรียบร้อยแล้ว และทบวงมหาวิทยาลัยจะต้องติดตามผลการดำเนินงานต่อไป 1.6 สนับสนุนให้มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี ซึ่งเป็นมหาวิทยาลัยในระบบราชการแห่งแรก ที่ได้ปรับเปลี่ยนสถานภาพไปเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ ได้จัดสรรงบประมาณเพิ่มเติม เพื่อแก้ไขปัญหาการบริหารงานบุคคล ในเรื่องเงินเดือน ค่าสวัสดิการ เงินสมทบกองทุนเลี้ยงชีพ เรียบร้อยแล้ว ซึ่งกรณีนี้ จะเป็นแนวทางเพื่อผลักดันการออกนอกระบบราชการของมหาวิทยาลัยอื่น ๆ ต่อไป
	2. การบริหารสถาบันอุดมศึกษา ตามหลักการปกครองที่ดี
	ได้กำหนดนโยบายเพื่อส่งเสริมให้สถาบันอุดมศึกษา พัฒนาระบบบริหารตามหลักการปกครองที่ดี (Good Governance) เพื่อสร้างความเข้มแข็งของกลไกการบริหาร โดยมุ่งหวังว่าเมื่อสถาบันอุดมศึกษาสามารถสร้างระบบบริหารที่ดีีให้เกิดขึ้นได้ ก็จะเป็นตัวอย่างและสามารถเผยแพร่ไปสู่หน่วยงานต่าง ๆ ดังนั้น เพื่อให้นโยบายดังกล่าวสัมฤทธิ์ผล ได้ตั้งคณะทำงานขึ้นชุดหนึ่ง เพื่อดำเนินการดังกล่าว โดยคณะทำงานได้กำหนดแนวทางการดำเนินงาน 3 ประการหลัก คือ ประการที่หนึ่ง เชื่อมโยงการบริหารสถาบันอุดมศึกษาด้วยหลักการปกครองที่ดี กับการประกันคุณภาพอุดมศึกษา ประการที่สอง กำหนดกรอบแนวคิดเรื่องหลักการปกครองที่ดี ที่สอดคล้องกับบริบทของสถาบันอุดมศึกษา และการประยุกต์ไปสู่การปฏิบัติ ประการสุดท้าย ส่งเสริมให้มหาวิทยาลัยของรัฐได้บรรจุหลักการดังกล่าว เข้าเป็นส่วนหนึ่งในการจัดทำร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัย ในกำกับของรัฐในอนาคต
	3. การปรับปรุงระบบงบประมาณของมหาวิทยาลัย
	ส่งเสริมให้มหาวิทยาลัย/สถาบันอุดมศึกษาของรัฐ มีการบริหารจัดการงบประมาณได้อย่างมีประสิทธิภาพและคล่องตัว สามารถตรวจสอบได้ ซึ่งจะส่งผลให้การจัดการศึกษาเป็นไปอย่างมีคุณภาพและมีมาตรฐาน
	3.1 ได้หารือร่วมกับผู้แทนที่ประชุมอธิการบดีแห่งประเทศไทย ผู้แทนกระทรวงการคลัง และผู้แทนสำนักงบประมาณ และกำหนดหลักเกณฑ์การบริหารงบประมาณของมหาวิทยาลัย/สถาบันอุดมศึกษาของรัฐเป็น 2 ลักษณะ คือ
	1) ได้ปรับแผนการจัดสรรงบประมาณมหาวิทยาลัย/สถาบันของรัฐ จากเดิม 14 แผนงาน เหลือเพียง 3 แผนงาน คือ แผนงานจัดการศึกษาระดับอุดมศึกษา แผนงานวิจัย และแผนงานบริการสาธารณสุข (เฉพาะมหาวิทยาลัยที่มีโรงพยาบาล) และได้จัดทำระเบียบทบวงมหาวิทยาลัย ว่าด้วยการโอนเงินประจำงวดของสถาบันอุดมศึกษา ในสังกัดทบวงมหาวิทยาลัย พ.ศ.2542 เพื่อสนับสนุนการกระจายอำนาจทางการเงินและการบริหารงบประมาณ มีผลใช้บังคับตั้งแต่วันที่ 17 พฤษภาคม 2542 2) จัดสรรงบประมาณให้มหาวิทยาลัย/สถาบันของรัฐ ที่เปลี่ยนสถานภาพเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับรัฐแล้ว เป็นในลักษณะเงินอุดหนุน ทั่วไป เช่นเดียวกับมหาวิทยาลัยในกำกับรัฐที่มีอยู่เดิม
	3.2 ทบวงมหาวิทยาลัยได้พัฒนาระบบการจัดสรรงบประมาณโดยแต่งตั้งคณะทำงาน พัฒนาระบบการจัดสรรงบประมาณมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ ศึกษาวิเคราะห์แนวคิดในการจัดสรรงบประมาณ การวิเคราะห์ค่าใช้จ่ายต่อหัวนักศึกษา เพื่อประมวลเป็นข้อเสนอแนะในการปรับปรุงระบบการจัดสรรงบประมาณให้แก่สถาบันอุดมศึกษา
	3.3 ทบวงมหาวิทยาลัยได้รับการสนับสนุนจากรัฐบาลออสเตรเลีย จัดผู้เชี่ยวชาญมาร่วมศึกษาวิเคราะห์และเสนอแนะรูปแบบการจัดสรรงบประมาณ ซึ่งผู้เชี่ยวชาญได้นำเสนอผลการศึกษาวิเคราะห์เมื่อ เดือนมกราคม 2543 ขณะนี้อยู่ระหว่างการศึกษาวิเคราะห์และทบทวนความถูกต้องของข้อมูลรวมกับมหาวิทยาลัย/สถาบันอีกครั้งหนึ่ง แล้วนำระบบดังกล่าวไปทดลองกับข้อมูลจริงย้อนหลัง 5 ปี เมื่อผลปรากฏเป็นที่ยอมรับได้ของทุกฝ่าย จึงให้เริ่มทดลองโดยแบ่งการดำเนินงานออกเป็น 3 ระยะ ทั้งนี้ การจัดสรรงบประมาณตามวิธีการที่เสนอจำเป็นต้องอาศัยข้อมูลค่าใช้จ่ายต่อหัวนักศึกษาในสาขาวิชาและระดับการศึกษาต่างๆ ซึ่งปัจจุบันมหาวิทยาลัย/สถาบันแต่ละแห่ง มีวิธีการคิดที่แตกต่างกัน ทำให้การประมาณการค่าใช้จ่ายต่อหัวนักศึกษาไม่เป็นที่ยอมรับและไม่สามารถนำมาใช้ในการจัดสรรงบประมาณดังกล่าวได้ แต่หากข้อมูลดังกล่าวเป็นสิ่งที่รายงานจากระบบบัญชีของมหาวิทยาลัย ซึ่งมีผู้ตรวจสอบให้การรับรอง แล้วน่าจะเป็นข้อมูลที่มีความน่าเชื่อถือมากที่สุด
	3.4 ทบวงมหาวิทยาลัยจึงได้พัฒนาระบบบัญชีต้นทุนอิงฐานกิจกรรม และใช้เกณฑ์พึงรับพึงจ่าย สำหรับใช้เป็นต้นแบบหรือตัวอย่างของระบบบัญชีที่มหาวิทยาลัย/สถาบันสามารถนำไปปรับปรุงใช้ให้เ หมาะสมกับสภาพแวดล้อมการบริหารของแต่ละสถาบัน
	3.5 ได้จัดการฝึกอบรมให้กับกลุ่มผู้บริหารมหาวิทยาลัย และกลุ่มผู้ปฏิบัติที่เกี่ยวข้อง
	3.6 ในปี 2543 ได้คัดเลือกมหาวิทยาลัย/สถาบัน 2 แห่ง ได้แก่มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี และมหาวิทยาลัยทักษิณ เป็นสถาบันนำร่องทดลองนำระบบบัญชีต้นทุนดังกล่าวไปประยุกต์ใช้
	( อ้างอิงจาก : http://www.mua.go.th/work.html )